Вначале аптека удовлетворяла нужды исключительно монахов, как того требовал Устав францисканцев. Затем деятельность аптеки перешагнула монастырские стены, и аптека стала публичной. До 1681 г. она располагалась на нижнем этаже монастыря. В монастырском саду выращивали лекарственные растения. Затем аптеку переместили в верхние монастырские галереи, около монастырского госпиталя. В 1741 г., согласно ордонансу папы Бенедикта XIV, была прекращена всякая публичная деятельность аптеки. Лишь в 1794 г., по специальному декрету папы Пия VI, она возобновила работу с населением Дубровника.
В 1816 г. австрийские власти приказали всем аптекам Дубровника пройти государственную регистрацию. Аптекарям необходимо было сдать экзамены по правилам, установленным в империи, и получить диплом государственного образца. Исключение было сделано для аптеки братьев миноритов. Австрийский император Франц-Иосиф I разрешил монастырской аптеке работать по-прежнему. Только в 1833 г. в аптеке появился первый дипломированный монах-Аптекарь. Им стал Иван Еванделист Кузмич (скончался в 1880 г.), получивший диплом магистра фармации в Падуанском университете. Он был разносторонне образованным человеком, написал несколько работ по истории религии, интересовался музыкой, коллекционировал морские раковины.
В начале XX в. аптека переместилась на нижний этаж и стала располагаться рядом со входом в монастырь. Она была обновлена в 1901 г., благодаря стараниям И. Амерлинга, уроженца Дубровника. В 1938 г. была устроена небольшая экспозиция аптечной мебели и аптечного оборудования в монастырских галереях. В 1947 г. аптека была национализирована, а в 1955 г. в большом зале капитула был размещен музей монастыря.
В музее представлены аптечные инструменты и оборудование, майоликовые сосуды различной формы и размеров, сборники рецептов. Здесь можно увидеть старинные меры веса и емкости, ступки, пестики, траворезки, капельницы для лавровишневых капель и для простой опийной настойки, Фармакопею Болоньи 1641 г., Универсальную Фармакопею Николя Лемери 1717 г., Фармакопею Венеции 1731 г., портрет монаха-Аптекаря И.Е. Кузмича.
«Аптека братьев миноритов» продолжает свою благородную деятельность. В аптеке-музее города Дубровника всегда много посетителей, особенно туристов.
