Суд первой инстанции принял решение об удовлетворении иска НО «Фонд развития и коммерциализации новых технологий «Сколково», однако Девятым апелляционным судом г. Москвы оно было отменено.
В декабре 2010 г. Инвестиционным комитетом фонда было принято решение предоставить компании финансирование на реализацию инновационного проекта «Синтетические пептидные препараты». Сторонами было заключено соглашение с предоставлением гранта на сумму 675 млн руб. в 4 этапа: первый - 170 млн 400 тыс. руб. на период с 01.01.11 по 30.06.11; второй - 198 млн 900 тыс. руб. на период с 01.07.11 по 31.12.11; третий – 192 млн 800 тыс. руб. на период с 01.01.12 по 31.12.12; четвертый – 112 млн 900 тыс. руб. на период с 01.01.13 по 31.12.13.
В 2013 г. между «Сколково» и «Фарма Био» возникли разногласия. Как заявили в «Сколково», без дополнительного соглашения с фондом компания направила средства гранта на реализацию не предусмотренных календарным планом мероприятий по усовершенствованию лекарственных препаратов «Тимодепрессин» и «Стемокин», находящихся в продаже с 2002 и 2009 гг. соответственно. В фонде потребовали вернуть необоснованно израсходованные 44 млн 923 тыс. руб.
